iPhone 6S从正式开售以来，由于分别采用三星与台积电代工厂制造的A9芯片，在效能、电力续航表现有差异引发了“芯片门”。
苹果iPhone6s/6s Plus采用A9芯片，市售的这两款手机其实按照内部 A9 芯片的生产商，被分为两个大类：三星版和台积电版：由台积电 16 纳米制程工艺生产的iPhone 6s/6s Plus，和三星14纳米制程工艺生产的iPhone 6s/6s Plus。
虽然生产的都是苹果提供的一模一样微架构的A9芯片，两个不同代工商选择的不同制程，使得产出A9芯片的大小出现了细微的差别。具体来说，三星14纳米的A9芯片的面积是96平方毫米，而台积电16纳米的A9芯片面积则稍大一些，大约104.5平方毫米。
从外媒和网友测试的结果来看，不同工艺的A9芯片在续航方面存在着不小的差距，有网友进行了一项测试，他使用两台三星版iPhone 6S和一台台积电版iPhone 6S进行了续航测试，测试项目为GeekBench 3。测试结果显示，三星版在坚持了3小时58分钟后已经自动关机了，而台积电版还剩余33%电量，一共坚持了5小时40分钟，台积电版电池续航时间约比三星高出30%左右。
美国科技博客Ars Technica也对两款不同芯片的手机进行电池续航测试，测试结果显示，iPhone 6s台积电版A9芯片在WiFi浏览和GFXBench图形性能测试 上表现稍好，但是在WebGL得分上略低于三星版A9芯片。使用了台积电版A9芯片在Geekbench 3基准测试中占据明显优势，得分比三星版高出28%。
随后苹果官方针对此事做出了说明。苹果官方称，在内部测试中，不同工艺A9芯片续航能力差距只有2%-3%，而不是外界所传的6%-22%。也就是说，只有在极端情况下，比如连续长时间拍摄和播放视频、玩游戏的时候，两种不同芯片版本带来的续航差距才会体现出来。
苹果还强调这一测试数据不仅是通过内部测试得出的，还结合了大量来自用户的数据。而2%-3%这一续航差距，是被允许出现的制造公差。
不过，消费者似乎并不买账，不少港台用户买到“三星款”要求退货，10月9日开始在台湾销售，马上就有用户利用软件检测，发现台湾销售的手机绝大多数是三星芯片，引发消费者不满，要求退货。另外，在第一批上市地区的香港，拿到台积电版的比例接近四成，比台湾高很多了。
这对这种现象，有网友戏称：“苹果发布紧急补丁，修复了台积电版本iPhone 6s续航时间过长的问题。”